Stereo mikroskop ("stereo zoom mikroskop", "stereoskopik mikroskop" veya "diseksiyon mikroskobu" olarak da bilinir), tipik olarak numunenin içinden geçen ışık yerine yüzeyinden yansıtılan ışığı kullanarak bir numunenin düşük büyütme gözlemi için tasarlanmıştır. Stereoskopik mikroskop, sol ve sağ gözlere birbirinden biraz farklı görüş açıları sağlamak için iki objektif ve oküler aracılığı ile iki ayrı optik yol kullanır. Bu düzen, incelenen numuneni 3D (üç boyutlu) olarak görselleştirmesini sağlar. Stereomikroskopi, karmaşık yüzey topografyasına sahip katı numuneleri kaydetme ve inceleme açısından detayları analiz etmek için 3D görünüm gerektiren makrofotoğrafi ile örtüşür. 

Stereo mikroskop genellikle katı numunelerin yüzeylerini incelemek veya diseksiyon, mikrocerrahi, saat yapımı, devre kartı imalatı veya gözlemi, fraktürografi ve adli mühendislikte olduğu gibi yüzeyleri kırma gibi yakın işleri yapmak için kullanılır. Üretim, denetim ve kalite kontrol için imalat sanayiinde yaygın olarak kullanılırlar. Stereo zoom mikroskoplar entomolojinin en gerekli ekipmanlarındandır. 

Stereo mikroskop, bir çift oküler ile donatılmış bileşik mikroskop ile karıştırılmamalıdır. Stereo mikroskopta, her iki göz de aynı görüntüyü görür ve iki oküler sayesinde daha bir izleme konforu sağlanır. Fakat, böyle bir mikroskoptaki görüntü tek bir monoküler mercek ile elde edilen görüntüden farklı değildir. 

NittaLab eğitim, bilimsel araştırma ve rutin işler için ergonomik olarak tasarlanmış monoküler, binoküler ve trinoküler kafalara sahip olan çeşitli stereo diseksiyon mikrokoskopları sağlamaktadır.