Konfokal Mikroskopi , konfokal lazer taramalı mikroskopi (CLSM) veya lazer taramalı konfokal mikroskopi (LSCM) olarak da bilinir, sabit dokuda bulunan hücrelerin yapısal özelliklerini ve bu hücrelerdeki belirli yapıların veya proteinlerin yerlerini incelemek amacıyla floresans uyarılma ilkesini kullanır. CLSM, canlı hücrelerdeki biyolojik varlıkların, veziküllerin, hatta spesifik proteinlerin hareketlerini araştırmak için de kullanılır.
Konfokal mikroskoplarda, ışık kaynağı olarak genellikle bir veya daha fazla lazer kullanılır. Geleneksel geniş-alan floresans mikroskopisi ile karşılaştırıldığında uyarım ışık band genişliği, uyarım filtresi yerine kaynak tarafından belirlendiği için, çok daha dardır (20-30 nm yerine 2-3 nm). Lazer ışını dar bir ışındır ve bu nedenle tüm görsel alanı aydınlatmak için alan boyunca hızlı bir şekilde bir dizi çizgide taranmalıdır. Her bir noktada tespit edilen floresans bir dedektör (PMT) tarafından ölçülür ve bir görüntü oluşturulur. Bu yöntem, görsel alanın sadece seçilen bir bölgesinin aydınlatılabilmesine olanak sağlayarak geniş alan görüntülemeye kıyasla muazzam avantajlar sunar, ve floroforların yanal hareket hızlarının araştırılması ve hücrenin farklı bölgelerindeki farklı floroforların uyarılması için karmaşık florışıldama bozulması (photobleaching) protokollerinin yapılabilmesini sağlar.
Floresans mikroskopi ve CLSM arasındaki en büyük fark iğne deliği (pinhole) yapısıdır. İğne deliği, odaklama dışı ışığın içeri girmesini engellemek için PMT'nin önüne yerleştirilen bir cihazdır. Sonuç olarak, PMT'ye giren ve böylece tespit edilen tek ışık, mikroskopun objektif lensinin odak düzleminin yakınından gelmektedir. Bu ışık numunenin alanı boyunca alındığı için, nesne ve çevredeki malzeme boyunca bir dilim görüntü üretir. Bu,optik dilimleme olarak bilinir ve gözlemcinin ilgili nesnenin içini görmesini sağlar. Bu durum, gelişmiş kontrast (düşük sinyal gürültü oranı) ve daha ince detayların gözlemlenebilir olması ile daha net bir 3D görüntü kazandırır. Buna ek olarak, CLSM, alan derinliğini kontrol etme ve kalın numunelerden seri optik bölümler toplama kabiliyetine sahiptir.
